1、多數患者有關節疼痛，關節侵蝕性改變，多見于腕關節、掌指關節、近端指間關節，關節畸形較常見，可出現關節攣縮、尺側偏斜和天鵝頸樣改變。此外，由于腱鞘炎引起手屈肌的活動受限在MCTD表現得較突出。
2、手和手指早期腫脹，后期可表現為“臘腸樣”，皮膚增厚繃緊，組織學改變為皮膚腫脹和膠原沉著。
3、50%~70%患者病程中出現肌肉病變，表現為近端肌肉有壓痛和無力，血清肌酸磷酸激酶和醛縮酶升高，肌電圖顯示肌炎的改變，活檢見肌纖維變性。
4、食管癥狀最為常見，表現為燒心感、吞咽困難，也可出現反流性食管炎引起的潰瘍和狹窄。
5、肺部的病變包括彌散功能障礙、肺間質纖維化、肺動脈高壓，還可出現胸膜炎、膈肌功能障礙等。85%的MCTD患者有肺部受累的證據，但大多數患者沒有癥狀，嚴重的患者可出現咯血、勞力性呼吸困難、胸痛。約70%患者肺功能檢測異常，表現為彌散功能、用力呼氣肺活量和靜息血氧明顯降低。
6、心臟侵犯最常見的表現為心包炎，偶見心包填塞引起死亡。
7、可表現為腎病綜合征，可發生腎性高血壓甚至高血壓危象。
8、3/4的患者有貧血、白細胞減少特別是淋巴細胞減少，它們和MCTD慢性炎癥和疾病的活動相關。
