支氣鏡檢查可能的并發癥有麻醉藥劑過敏、咯血、換氣不足、缺氧、支氣管喉頭痙攣、氣胸、發燒、菌血癥或并發感染等。
根據報道單獨支氣管鏡檢查本身引起的氣胸概率約為0.4%而出血率為0.2%,病死率0.03%左右。支氣管肺活檢引起的氣胸發生率平均約為4%而活檢導致小于五十毫升出血的概率約為2.1%,大體而言支氣管鏡是一種尚屬安全的檢查,可以幫助臨床醫師獲取很多診斷及治療上的信息。
檢查過程一般有心電監護也可吸氧,醫生會根據情況處理一切可能的意外,檢查時間與是否需要活檢以及活檢的位置有關,一般半小時左右即可完成一例支氣管鏡的檢查。