肛瘺表現為外口流出少量的膿性、血性、黏液性分泌物是主要癥狀。對于較大的高位肛瘺,因為瘺管位于括約肌以外,不受括約肌控制,常常會有糞便以及氣體排出。由于分泌物的刺激,使肛門部潮濕、瘙癢有時候還會形成濕疹。
如果外口愈合,瘺管中有膿腫形成時,患者可以感到明顯的疼痛。同時可以伴有發熱、寒戰、乏力等全身感染的癥狀。如果膿腫穿破或者進行切開引流手術以后,癥狀可以緩解。
上述癥狀的反復發作,是肛瘺的臨床特點。當檢查時可以在肛周皮膚上見到單個或者多個外口,如果擠壓可以看到有膿性或者膿血性的分泌物排出,外口的數目及與肛門的位置關系,對診斷肛瘺很有幫助。如果外口數目越多,距離肛周越遠,肛瘺越復雜。