對于大多數卵巢囊腫可以自行消退,因此大部分病例僅需要隨訪觀察,一般兩到三個月,或者兩到三個月經周期,沒有癥狀的患者,可以觀察更長時間。
對于功能性單純性囊腫的手術指征為,如果患者出現明顯癥狀,而且系列的超聲隨訪未見消退,對于大于五公分的囊腫,有較大的扭轉風險,還有就是擔心有惡性可能的時候,可以進行手術干預。
對于復雜性囊腫,多由于囊腫內出血或者囊腫為真性瘤性病變,特別是黃體囊腫,一旦破裂可以引起一定量的腹腔內出血,故而對于黃體囊腫,超聲隨訪兩到三個月經周期,未見消退,或伴有明顯的癥狀,有手術干預指征。真性的囊腫需要手術干預,尤其出現在腫瘤指標增高的患兒,或者伴有鈣化和脂肪等復雜成分的腫瘤,后者已不是腫瘤而是畸胎瘤。