病毒性腹瀉潛伏期為三到十天,平均七天,發病者多為五歲以下兒童。臨床表現與原狀病毒胃腸炎相似,但病情較輕,病程較長,腹瀉每天三到三十次,多為十多次,糞便稀水樣,伴嘔吐,偶有低熱,部分患者同時可有鼻炎咽炎和氣管炎等呼吸道感染癥狀,部分患者因腹瀉、嘔吐導致脫水,嚴重者因嚴重的失水和水電解質紊亂而死亡。
腺病毒41型感染腹瀉,持續時間較長約為十二天。腺病毒40型感染腹瀉持續時間較短,約為九天,但初期癥狀較重,通常持續兩到三天而恢復正常,少數患者可延長至三到四周,極少數患者成為慢性腹瀉,慢性腹瀉可以導致營養不良影響正常發育。