根據發病時間的不同,食管氣管瘺可分為先天性與獲得性,根據發病原因的不同,獲得性食管氣管瘺又可分為三種類型,良性食管氣管瘺、惡性食管氣管瘺與創傷性食管氣管瘺。
在1960年以前,良性食管氣管瘺最常見的病因是肉芽腫性炎癥和外傷,后來常見病因為氣管內或氣管切開后的氣管插管套囊過度充氣,由于長期機械通氣,病人一般都放有胃管氣管套囊,將氣管膜部的前壁擠壓在胃管上,導致該處管壁全層壞死,形成了瘺,惡性食管氣管瘺多見于食管癌。創傷性食管氣管瘺在頸部常為直接銳器傷,在胸部常為胸廓創擊或車禍,位于胸骨和腰椎間的氣管和食管受到嚴重擠壓,形成食管氣管瘺。