克羅恩病的特點是一般病原體不是很明確,呈階段性分布,主要累及直腸和乙狀結腸,范圍是腸粘膜的全層,癥狀是腹痛,但是部位不一定,可以累及全消化道。體征主要有腹部壓痛和肛周的漏管,造影的時候常見會有朊氏癥、階段性病變,可以累及全部的消化道。內鏡檢查可見縱行或匍匐行的潰瘍,周圍粘膜呈鵝卵石樣改變。病理可見裂隙樣潰瘍,非干酪性肉芽腫,實驗室檢查有免疫學指標異常。
比較少見的有穿孔,多見有瘺管,少有膿血便,腸腔的狹窄比較多見,一般都是偏心性的,而且抗結核治療是無效的。潰瘍性結腸炎的病原體比較多見的是人型結核分枝桿菌。病變連續腸累及回盲部粘膜和粘膜下層,臨床表現為腹痛、腹瀉和便秘交替,低熱盜汗、便血、腹瀉、腸外多器官的一些癥狀,右下腹會有壓痛,腹部可能會有包塊,內鏡檢查是環形的潰瘍,穿孔比較少見,瘺管是沒有的,漏血便比較多,抗結核治療有效。