藥物治療,非甾體抗炎藥可以迅速的減輕關節腫脹和疼痛,并增加活動范圍。免疫抑制劑,包括柳氮磺吡啶,是治療輕中度的潰瘍性關節炎的主要用藥。甲氨蝶呤,活動期潰瘍性關節炎如果經柳氮磺吡啶或者非甾體抗炎藥治療無效可以選用。硫唑嘌呤,主要是用于重癥頑固的病人。環孢素A,主要用于靜脈使用激素無效的重癥爆發型。
糖皮質激素,可以使用口服或者關節腔局部應用,可以減輕外周關節的滑膜炎,但對骶髂關節炎和脊柱炎是沒有效的。生物制劑,目前臨床使用的有三種抗tnfr單抗治療的,如應用西妥昔單抗、阿達木單抗、賽妥珠單抗,大多數的患者病情可以獲得迅速改善,包括中毒或者激素免疫抑制劑沒有效的或者不能耐受的潰瘍性結腸炎患者。