因為膽鹽是胎糞的組成成分之一,所以胎糞吸入除了引起呼吸道的機械性阻塞外,同時可以刺激局部引起化學性炎癥,進一步加重肺的通換氣功能障礙,胎糞還有利于細菌生長,所以胎糞吸入綜合征也可繼發細菌感染。
胎糞吸入綜合征時二型肺泡上皮細胞受損以及肺表面活性物質減少,但結論尚待進一步研究證實,胎糞吸入綜合征時嚴重缺氧和混合性酸中毒會導致肺小動脈痙攣,甚至血管平滑肌肥厚,導致肺動脈阻力增加,從而引起右心壓力增加,發生卵圓孔水平的右向左分流,如果肺血管阻力持續增加,可以使肺動脈壓超過體循環動脈壓,導致已經功能性關閉或者尚未關閉的動脈導管發生導管水平的右向左分流,也就是新生兒持續肺動脈高壓,上述變化將進一步加重的低氧血癥及及混合性酸中毒,并最終形成惡性循環。