不同表現得白塞氏病患者預后不同,多數患者病情長期處于緩解,復發交替的狀態,部分患者經過有效的治療后能夠達到痊愈,少數病例可以出現自愈,僅表現為口腔潰瘍和皮疹的患者預后較好,有眼病的可使視力嚴重下降甚至失明。近年來雖然經過早期積極的對眼炎的治療,但是仍有部分患者遺留有嚴重的視力障礙。
胃腸道受累后引起潰瘍,出血,穿孔,腸瘺,吸收不良,感染等都是嚴重的并發癥,死亡率很高,有中樞神經系統病病變的死亡率也很高,而且存活者往往有嚴重的后遺癥,大中動脈受累后因動脈瘤破裂心肌梗死而出現突然死亡的,也并非罕見。