一般來說,慢性腎盂腎炎應與以下疾病進行鑒別:
一、尿道綜合征。常見于女性,患者有尿頻、尿急、尿痛及排尿不適等尿路刺激癥狀,但多次檢查均無真性細菌尿。
二、腎結核。本病膀胱刺激癥狀更為明顯,一般抗生素治療無效。尿沉渣可找到抗酸桿菌,尿培養結核分支桿菌陽性,而普通細菌培養為陰性。
三、慢性腎盂腎炎。當出現腎功能減退、高血壓時,應與慢性腎小球腎炎相鑒別。后者多為雙側腎臟受累,且腎小球功能受損,較腎小管功能受損更加突出,并且常常有較明確的血尿、蛋白尿和水腫病史。而慢性腎盂腎炎常有尿路刺激癥,細菌學檢查陽性,影像學檢查可表現為雙腎不對稱性縮小。