現在的研究已經表明兒童神經性厭食癥存在多種神經內分泌的異常,包括下丘腦垂體性腺軸,下丘腦垂體腎上腺軸,下丘腦垂體甲狀腺軸的系統等等。
有一些研究發現了兒童神經性厭食癥甲狀腺功能不正常,這里有一個專有名詞來描述就是兒童神經性厭食癥的甲狀腺狀態,它是一個低t3的綜合征,包括了本質的t3水平,t4水平正常和正常以下,促甲狀腺素正常,這個綜合征被確定是一個饑餓進展期保存能量的一個適應機制,長期饑餓會導致閉經,它反應激素水平低下,然而有一些兒童神經性厭食的患者,在體重明顯減輕之前就出現閉經了,兒童神經性厭食的,神經肽的活性改變也有可能會引起神經內分泌功能的紊亂,研究已經發現這些神經內分泌失調,有部分需要經過相當長的一段時間才能恢復正常,也就是即使是體重恢復正常以后,對于大多數的神經內分泌失調而言,它們是狀態相關性的,往往在臨床恢復以后也恢復正常。