先天性心臟病發病的原因不是非常明確,但是主要的原因是遺傳和環境因素相互作用所導致,據了解由于基因和染色體異常所導致的各類型的先天性心臟病,占到全部先心病的10%左右。
與引起先天性心臟病發作比較強的因素主要為早期宮內的感染,妊娠后頭三個月是胎兒各器官發育最重要的階段,因此妊娠后前三個月,孕母感染病毒性疾病容易胎兒發生先天性心臟病,不要接觸射線和藥物,一旦接觸,盡量要少吃藥,吃藥會使胎兒發生先天性心臟病、某些代謝疾病,比如母親患有糖尿病,不明原因的高鈣血癥等,還有引起宮內缺氧,某些的慢性疾病比如心臟疾病等。