白塞病患者的生存期、死亡率與患者的病情嚴重程度以及是否有臟器的受累有明顯的相關性,大部分患者預后是比較良好的。如果患者僅僅出現口腔潰瘍、外陰潰瘍、皮膚損害或者咽炎等最嚴重的并發癥,患者可能出現視力的下降、失明等,不會影響患者的壽命。但是如果患者有明顯的臟器受累,情況就有所不同。
有胃腸道受累的患者如果引起潰瘍出血、穿孔、吸收不良、感染等嚴重的并發癥其死亡率是很高的。有中樞神經系統病變的患者死亡率也比較高,大部分患者在出現中樞神經系統受損的一到兩年之內可以死亡,即使有存活者也往往有嚴重的后遺癥。
有大動脈或者中動脈受累的患者,可以因為動脈瘤的突然破裂、心肌梗死等出現突然的死亡,這些患者也并非是罕見的。所以白塞病患者要積極早期的治療,避免出現這些預后不良因素的出現。