在肺炎時可以出現循環系統、神經系統以及胃腸道功能的紊亂,這是由于病原體和毒素侵入心肌中引起心肌炎,缺氧時肺小動脈反射性收縮,肺循環壓力增高,使右心負荷增加,肺動脈高壓和中毒性心肌炎是誘發心衰的主要原因。
重癥患兒常出現微循環障礙、休克甚至彌散性血管內凝血,嚴重缺氧和二氧化碳潴留,可以使血與腦脊液ph值降低,高碳酸血癥是腦血管擴張,血流減慢,血管通透性增加,致使顱內壓增加,嚴重缺氧使腦細胞無氧代謝增加造成乳酸堆積,引起腦細胞內水鈉潴留形成腦水腫,低氧血癥和病原體毒素還可以使胃腸道黏膜糜爛出血,上皮細胞壞死脫落粘膜屏障功能破壞、胃腸功能紊亂,出現腹瀉、嘔吐甚至發生中毒性腸麻痹。