病毒性腦炎的鑒別診斷主要應該與其他非病毒性、中樞神經系統感染性疾病進行鑒別,比如結核性腦膜炎,化膿性腦膜炎,隱球菌性腦膜炎以及Reye綜合征進行鑒別。
病毒性腦炎的診斷主要根據患者有流行病學病史,臨床表現,相應的腦脊液改變以及結合腦電圖來排除其他中樞神經系統感染性疾病,Reye綜合征等急性疾病的情況下,應該給予診斷。
隱球菌性腦膜炎,結核性腦膜炎,化膿性腦膜炎的患者常常有腦膜刺激征,可以伴有或者不伴有神經功能缺損的癥狀與體征,而病毒性腦膜炎的患者一般情況下無腦膜刺激征,患者常常有神經功能缺損的癥狀和體征,比如偏癱,偏身感覺障礙等等,個別患者也可以有精神癥狀,腦脊液細胞學檢查可以明確診斷以及鑒別。