肛瘺一旦形成一般情況下是沒有自愈的可能的,主要原因是因為肛門部不能靜養,膿腔不宜粘合,排便排尿時括約肌收縮或因炎癥的刺激造成肛門括約肌刺激,使肛門括約肌出現痙攣癥狀內擴存在,膿腫雖然破潰或者是已經切開引流但原發的感染源,肛竇炎,肛感染依然存在,腸腔內容物還可以從內口繼續進入瘺管造成進一步的感染。
管腔難以閉合,腸腔中的糞便腸液和氣體繼續進入瘺管刺激管,使管壁結締組織增生變厚管腔難以閉合的,引流不暢,管道都在不同高度穿過肛門括約肌,括約肌阻礙膿液排出以致引流不暢,容易出現新的瘺管膿腔引流不暢時或者是外口縮小,膿液聚集時導致膿腫再發病穿破而形成新的瘺道,所以肛瘺不可以自愈就需要及時的手術治療。