對于不同的子宮內膜異位癥,其處理治療方法會有很大差異。如果子宮內膜是異位到腹壁的切口,那通常可能需要考慮行腹壁切口的內膜異位結節剝離術來進行治療。但如果子宮內膜是異位到子宮肌肉層,這時就是引起子宮腺肌癥,可能需要通過服用藥物來保守治療,也有可能需要考慮在宮腔內放置曼月樂環來進行治療。
而對于年齡比較大的女性還可能需要考慮行手術將子宮直接切除。但如果女性的子宮內膜是異位到卵巢上,對于小的子宮內膜異位癥常常可以通過服用止痛藥來進行治療。而對于想要懷孕的女性則可以先進行備孕懷孕,因為在懷孕以后,可能會使子宮異位的內膜組織出現自然萎縮。