細菌性痢疾需要跟阿米巴痢疾鑒別,阿米巴痢疾起病慢,很少有毒血癥癥狀,里急后重感也比較輕,大便次數少,腹痛多在右側,典型患者的糞便呈果醬樣,有腐臭,鏡檢會發現有少許的白細胞、紅細胞凝集成團,可以找到阿米巴滋養體,乙狀結腸鏡檢查患者的腸黏膜大多是正常的,有散在的潰瘍,而且該病容易并發肝膿腫。
另外,細菌性痢疾需要跟流行性乙型腦炎鑒別,因為對于中毒性的細菌性痢疾患者往往會有精神神經癥狀,流行性乙型腦炎患者往往也會有神經精神癥狀,兩者的鑒別需要依賴結腸鏡的檢查,需要做細菌的培養。對于細菌性痢疾的診斷依據在夏季、秋季的流行季節患者出現腹痛、腹瀉、黏液膿血便,要考慮到細菌性痢疾的可能性。再就是經過大便涂片鏡檢、細菌培養有助于診斷的確立,再就是結合乙狀結腸鏡檢查以及X線鋇餐檢查,需要跟其他疾病進行鑒別。