病毒性心肌炎80%能夠痊愈，5%至20%可以遺留心臟擴大以及心電圖異常，而致慢性心肌炎或者是后遺癥，小于5%患者因急性心衰，嚴重心律失常或者是心源性休克而死亡，病毒性心肌炎的病理改變以及臨床表現差異很大，因此其轉歸和預后也很不一致，病毒性心肌炎預后大者可以分為以下幾類：
一、重型或者是爆發型病毒性心肌炎，患者疾病急，病勢兇猛，往往一個月內會出現充血性心力衰竭，心源性休克，持續惡性室性心律失常發作，阿斯綜合征，急性心包炎或者是急性腎功能衰竭的表現，也可以引起猝死或者是因搶救無效而死亡。
二、輕或者是中型病毒性心肌炎，這類患者預后良好，雖然急性期可以有明顯的臨床表現，但是經治療后，一般能夠較快的恢復，有的甚至未經特殊治療，也能夠恢復。
三、慢性心肌炎或者是心肌炎后擴張型心肌病，只急性或者是隱匿起病后，病情繼續發展，出現心臟逐漸擴大或者是石壁瘤形成。心功能逐漸惡化或者是癥狀反復發作，最終會導致擴張性心肌病表現者。
病毒性心肌炎有很長的平臺期，約有10%到20%的患者可以發展成為慢性的心肌炎，其中一小部分患者最后發展成為擴張性心肌病。一但進展為擴張型心肌病，一般患者在確診兩年后死亡，最有效的治療是心臟移植。
