腦栓塞根據栓子來源不同,一般可以分為心源性和非心源性,心源性最為常見,約占腦栓塞的60%到75%,所以腦栓塞是最常見的心臟病的重要表現。其中最直接的原因是慢性的心房纖顫,也就是平常說的房顫,這種情況多數是由于風濕性心瓣膜病、心內膜炎出現的滋生物以及腹壁血栓脫落造成的心源性栓子。
而且像心肌梗死、心房粘液瘤以及心臟的手術之后包括移植以及置換術后二尖瓣的脫垂及鈣化等等,包括像先心病的房間隔、室間隔缺損都有可能成為栓子的通路或者是栓子來源。
另外一項是非心源性,包括像動脈狀硬化、斑塊的脫落以及像肺靜脈的血凝塊等,包括像骨折和手術之后的一些空氣的栓塞和脂肪的栓子都可能成為非心源性栓子的來源。