反應性關節炎的患者如果說是非常的輕微,有可能會自愈,但是大部分都是需要經過積極的治療。反應性關節炎的自然病程因人而異,可能與感染的微生物以及宿主本身的抵抗能力有很大關系。
大多數反應性關節炎的患者的預后比較好,經過及時治療,患者一般可以完全恢復正常。第一次發作的寡關節炎一般在三到六個月內緩解,大部分患者在兩年后病情能夠完全緩解,還有一少部分患者有可能會超過兩年。另外,有極少數患者,特別是伴有溢膿性皮膚角化癥的患者預后比較差一些。
但該病具有復發傾向,腸道、泌尿生殖道以及呼吸道感染可能是復發的直接誘因。通過長期的隨訪發現第一次發病三到四年以后,部分患者有可能會出現外周關節炎、肌腱端炎、虹膜炎或其他關節外癥狀的復發,髖關節受累,有可能表現為持續的血沉升高以及對非甾體類抗炎藥反應不好,部分患者可能出現與強直性脊柱炎難以鑒別的一些癥狀改變。另外,有一少部分患者會出外周或中軸關節炎。