實驗室診斷、細菌學檢查、痰涂片以及培養查找結核菌,是診斷肺結核最特異的方法,也是監測療效,病源傳染性和選擇用藥的重要依據,沉淀或者漂浮細菌法涂片,或者采用熒光鏡可以提高陽性率。
若無痰可以采用倒痰法,取氣管灌溉液或者取清晨的胃液均可以,結核菌素實驗是判斷結核感染的一個主要手段,無論是舊的結核菌素或者純蛋白生物等,這種情況都非純化抗原,對于鑒別是結核桿菌還是非結核桿菌或者說是卡介苗接種后反應都有局限性。
另外,這種情況可以做血清檢查,由于結核菌的弱抗原性以及抗原的非特異性,結核病的血清診斷學,這種情況至今未取得實質性的進展,近年來雖然敏感性和特異性可以提高,但其仍非單一的特異性抗原,另外,還可以做基因診斷、纖維支氣管鏡檢查等等。