未分化結締組織病的治療是根據患者的病情而有所不同的。對于輕癥患者,比如只有皮膚粘膜、肌肉關節受累,患者僅表現為皮疹、口腔潰瘍或者關節疼痛以及肌肉酸痛等,可以給予羥氯喹和非甾體類抗炎藥物對癥治療。而對于一些重癥的或者是病情中度活動的未分化結締組織患者,則需要應用糖皮質激素和免疫抑制劑進行治療。一般這類患者都會出現內臟受累,比如消化道、呼吸道、心臟或者是血液系統根據患者受累臟器的嚴重程不同,選用的激素劑量也不同,而且也需要選擇不同的免疫抑制劑。
大多數未分化結締組織病患者它的病情是較輕的,因為他只有某一種風濕系統的癥狀,化驗相關抗體陽性并不能診斷為某一種具體的疾病,未分化結締組織病可能是一個獨立的疾病,也可能是某個具體疾病,比如類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡的早期表現。