引起便秘的器質性疾病包括腸道疾病,如結直腸腫瘤、結腸術后、腸扭轉直腸脫垂、痔瘡、肛裂、肛瘺等等;內分泌和代謝疾病有糖尿病、甲狀腺功能亢進或減退、慢性腎病,尿毒癥;神經系統疾病有自主神經病變,腦血管疾病,癡呆,多發性硬化癥,帕金森病等等;以及肌肉疾病皮肌炎、硬皮病;而藥物影響主要是指某些藥物,如鈣片、降壓藥、鈣離子拮抗劑等等引起的便秘。
慢性便秘可由多種疾病引起,包括功能性疾病、器質性疾病、藥物影響,慢性便秘大部分是功能性疾病,包括功能性便秘、功能性排便障礙和便秘型腸易激綜合征,其中功能性便秘作為常見的,便秘往往是由這些引起的。