首先口服這個藥物之后可以出現口干,出現輕度的惡心,嘔吐,腹脹便秘,還有腹瀉和腹痛的一些情況,再就是它可以出現丙氨酸氨基轉移酶、天門冬氨酸氨基轉移酶和膽紅素的一個明顯升高,但是這些癥狀一般都是輕微和短暫的,大多都不會影響治療。在使用奧美拉唑長期治療患者的一個胃體標本中,可以觀察到萎縮性胃炎的一個表現。
神經精神系統還可以出現感覺的異常,頭暈、頭痛和嗜睡,以及外周神經炎的癥狀。另外長期服用奧美拉唑還可能導致維生素b12的缺乏。還有動物實驗表明,那就是奧美拉唑可能會引起胃體和胃體部的內分泌細胞嗜鉻細胞瘤的一個生長。長期用藥還會導致胃部的一個類癌的情況,所以一定要引起注意的。