第一,應該與寄生蟲藥物過敏,過敏性肉芽腫性血管炎等過敏性的肺炎進行鑒別。
第二,肺結核,慢性農民肺長期存在,容易誤診為結核病。但是結核病患者痰中找到結核菌,抗結核治療有效。
第三,慢性支氣管炎,反復發作的慢性農民肺患者可有慢性咳嗽咳痰的表現,后期還可合并慢性支氣管炎,但是結合抗原接觸時及血清免疫學檢查可以區別。
第四,支氣管哮喘,部分農民肺可發生哮喘樣的癥狀,但是喘息較輕,全身癥狀較明顯,結合免疫學,胸片可鑒別。
第五,特發性肺間質纖維化,農民肺晚期可呈現肺間質纖維化,但是結合病史,免疫學檢查可以區別。
第六,肺心病與慢性阻塞性肺疾病引起的肺心病不同,農民肺患者無肺氣腫,超聲學檢查可幫助鑒別。