腸結核腸外結核癥狀多見,克羅恩病則一般沒有腸外結核表現,腸結核復發不多,克羅恩病病程較長,緩解與復發交替,腸結核一般比較少見瘺管,腹腔膿腫以及肛周病變,而克羅恩病可以有瘺管,腹腔腫塊以及肛周病變等。
腸結核一般沒有病變的節段性分布,克羅恩病通常有腸段的節段性分布,腸結核患者的潰瘍通常呈橫行,淺表而不規則,克羅恩病患者的潰瘍多為縱型裂隙狀。
腸結核患者結核菌素實驗陽性,而克羅恩病患者結核菌素實驗為弱陽性,腸結核患者經抗結核治療后,癥狀可以明顯改善,腸道病變好轉,而克羅恩病患者經過抗結核治療后,癥狀沒有明顯改善,腸道病變也沒有好轉。
腸結核患者組織病理學檢查,可以看到結核分枝桿菌,而且也可以見到干酪樣壞死,而克羅恩患者結核分枝桿菌陰性,也沒有干酪樣壞死。