本病為自限性的疾病,如果沒有并發癥預后大多良好,病程在一到兩周左右,但也可以反復,少數的患兒恢復緩慢,如低熱,淋巴結腫大、乏力等可以達到數周甚至數月之久,在這個病以后偶爾可有一段時間的持續性的疲勞,但是沒有明確這與EB病毒引起的慢性疲勞綜合征有關。
本病的病死率是1%-2%,是因為并發中樞和神經麻痹引起的呼吸衰竭所致,其他少數病患死亡于病發脾破裂、腦膜炎、心肌炎、肝炎,但是本病與單核巨噬細胞系統的惡性病不同,不會轉化為淋巴瘤。
傳染性單核細胞增多癥如果發生在先天性免疫缺陷病的患兒可以迅速引起死亡。